Trụ sở chính của Trung tâm đặt tại số 123 đường Trương Định, phường Võ Thị Sáu, Quận 3 và cơ sở tại địa chỉ lô I - 3b - 3, đường N6, Khu công nghệ cao (TP Thủ Đức, TP.HCM).
Trung tâm có Giám đốc và không quá hai Phó giám đốc. Các Phó giám đốc Trung tâm do Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ bổ nhiệm theo đề xuất của Giám đốc Trung tâm.
Trung tâm có ba phòng chức năng, gồm: Phòng Hành chính - Tổng hợp, Phòng Đổi mới sáng tạo và Khởi nghiệp; Phòng Hỗ trợ Đổi mới công nghệ.
Trung tâm Khởi nghiệp sáng tạo TP.HCM là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc lĩnh vực khoa học và công nghệ, trực thuộc Sở Khoa học và Công nghệ TP.HCM, thực hiện cơ chế tự chủ về tài chính, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu và tài khoản riêng.
Trung tâm chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức bộ máy, biên chế, ngân sách, hoạt động của Sở Khoa học và Công nghệ TP.HCM.
Trung tâm có chức năng tập hợp và kết nối các nguồn lực trong hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo của TP.HCM, trong và ngoài nước; Là đầu mối hợp tác trong và ngoài nước về đổi mới sáng tạo và khởi nghiệp với các tổ chức, tập đoàn công nghệ trong nước và quốc tế cũng như thúc đẩy đổi mới sáng tạo khu vực công.
Đồng thời, thúc đẩy và hỗ trợ hệ sinh thái đổi mới sáng tạo và khởi nghiệp; nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, ứng dụng công nghệ và chuyển giao công nghệ về khởi nghiệp đổi mới sáng tạo trên địa bàn TP.
Về nhiệm vụ, quyền hạn, Trung tâm sẽ tổ chức hoặc phối hợp với các cơ sở ươm tạo, trường, viện để phát triển, ươm tạo các ý tưởng, dự án khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp xã hội giải quyết các vấn đề cộng đồng thông các hoạt động tìm kiếm, tuyển chọn, huấn luyện, hỗ trợ phát triển sản phẩm, xây dựng mô hình kinh doanh… cho các dự án khởi nghiệp đổi mới sáng tạo thuộc các lĩnh vực TP.HCM ưu tiên phát triển.
Tổ chức hoặc phối hợp phát triển, tăng tốc cho các dự án khởi nghiệp đổi mới sáng tạo tiếp cận thị trường để hoàn thiện sản phẩm, mô hình kinh doanh có khả năng nhân rộng.
Tổ chức các huấn luyện, đào tạo, hỗ trợ các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp nhỏ và vừa ứng dụng tiến bộ khoa học - công nghệ, đổi mới công nghệ, hoạt động đổi mới sáng tạo, nâng cao năng suất, chất lượng, năng lực cạnh tranh.
Xây dựng chuỗi hoạt động giáo dục khởi nghiệp đổi mới sáng tạo trong trường học nhằm nuôi dưỡng tài năng sáng tạo trong tương lai. Tổ chức tham gia các chương trình xây dựng thương hiệu khởi nghiệp TP để thu hút cộng đồng quốc tế và thu hút truyền thông quốc tế về các chuyên đề khởi nghiệp sáng tạo.
Trung tâm còn cung cấp không gian làm việc cho cá nhân, nhóm cá nhân khởi nghiệp, doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, cơ sở ươm tạo, tổ chức hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, quỹ đầu tư.... Cung cấp không gian phục vụ các hoạt động khởi nghiệp sáng tạo như phòng họp các loại, phòng huấn luyện, tập huấn, khu vực triển lãm, khu vực kết nối, địa điểm tổ chức sự kiện, khu vực trưng bày,...
Cung cấp dịch vụ tư vấn chuyên gia trong và ngoài nước, tư vấn xây dựng phương án, mô hình kinh doanh, tư vấn đào tạo, huấn luyện, tư vấn pháp lý, sở hữu trí tuệ, đầu tư, thành lập doanh nghiệp khoa học và công nghệ, thương mại hóa kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, tài sản trí tuệ,...
Trung tâm này cũng sẽ là đơn vị thực hiện các hoạt động nghiên cứu, ứng dụng, triển khai thử nghiệm, tư vấn, đào tạo, truyền thông, chuyển giao công nghệ, dịch vụ khoa học và công nghệ trong và ngoài nước.
Nghiên cứu, tư vấn, chuyển giao công nghệ về tiết kiệm năng lượng và năng lượng tái tạo; thương mại hóa và nhân rộng các kết quả của đề tài và dự án sản xuất thử nghiệm các lĩnh vực sản xuất, đời sống và bảo vệ môi trường...
